L'autre module contient l'équipement de la sonde, c'est à dire les composants électroniques (à l'intérieur) et les instruments scientifiques (à l'extérieur, sur le côté opposé au module de propulsion). Ce module mesure 80 cm de haut. A l'intérieur, deux ordinateurs orchestrent les activités de la sonde. A un temps donné, un seul de ces deux ordinateurs contrôle la sonde, alors que l'autre joue le rôle d'ordinateur de sauvegarde en cas d'urgence. Chacun de ces ordinateurs comporte un microprocesseur Marconi 1750 A, 128 Kbytes de mémoire pour stocker les programmes de contrôle de la sonde et 20 Kbytes de ROM pour stocker les routines élémentaires (le système d'exploitation) dans le cas d'une réinitialisation d'un ordinateur. D'autres unités de stockage sont prévues pour conserver les données scientifiques et le statut de la sonde (375 mégabytes au total). MGS est la première sonde américaine à être envoyée sur une autre planète avec des unités de stockage de type RAM à la place de la classique cassette magnétique. Enfin, ce module comporte trois roues montées à angle droit les unes des autres. L'ordinateur de vol peut contrôler la rotation et la vitesse de ces roues qui permettent ainsi d'orienter la sonde dans n'imp